1人を1km運ぶ場合の二酸化炭素排出量を比較すると、新幹線は航空機の約1/5、自家用車の約1/8となっており、地球環境に優しい交通機関です。また、北海道新幹線建設工事の認可申請前には環境影響評価が実施されていますが、その中で生態系に与える影響については「全体として、高架構造・トンネル区間が長いため、地形や植生改変に伴う影響は小さい。」とされており、沿線環境に与える影響は十分に低減可能であると考えられています。
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